截至2023年末，中国农业银行总行内设40个部门（与建设银行的40个和工商银行的42个差不多）。
农业银行总行部门名称和设置充分体现了其服务“三农”的特征。一方面是涉农部门明显多于建行和工行，如有着乡村振兴金融部/三农政策与业务创新部/三农及普惠金融事业部管理委员会办公室、农户金融部、三农对公业务部等部门；另一方面许多部门名称同时挂着“三农及普惠”的牌子。如人力资源部还挂着“三农与普惠金融人力资源管理中心”的牌子等等。
农业银行总行审计局也直接向董事会报告，同时也有着向监事会以及行长报告的第二汇报路线。此外，为保持独立性，农业银行还设立了10个审计分局，而农业银行有37家一级分行，因此审计分局的设计并不与分行保持一致，以体现与分行的独立性。
附农业银行总行组织架构和内设部门图如下：
